Elke manueel therapeutische behandeling wordt voorafgegaan door een vraaggesprek en een uitgebreid functieonderzoek. Daardoor zal de therapeut achterhalen of een bepaald lichaamsdeel normaal functioneert en beweegt zoals het hoort. Met provocatietesten en functietesten (gewrichtstesten, spiertesten, neurologische testen, coördinatietesten e.a.) kan hij/zij de plaats, de graad, de ernst en de oorzaak van klachten opsporen.
Centraal in het onderzoek staat de oorzaak en de tijdslijn van het letsel of disfunctie. Daarmee wil de manueel therapeut oordelen of de oorzaak op de plaats van het letsel ligt en/of door andere factoren veroorzaakt wordt. Het is de bedoeling de functionele stoornissen te evalueren. De behandeling is namelijk in eerste instantie gericht op het kunnen hernemen van de normale activiteiten en op de algemene gezondheid.
Het lichaam wordt als een `geheel` beschouwd: dit is belangrijk in het manueel therapeutisch onderzoek. De therapeut kan een verband leggen (anatomisch, biomechanisch, fysiologisch) tussen de verschillende streken en stelsels van het lichaam.
Afhankelijk van de bevindingen kan de manueel therapeut een aanvullend onderzoek verrichten ter evaluatie van de toestand en van de functies van de spieren en de gewrichten, het zenuwstelsel, het bindweefsel en de algemene gezondheid. Verder zal hij/zij nagaan of het lichaam foute bewegingspatronen en houdingsgewoonten heeft. Ook eventuele ergonomische oorzaken van de klachten en functionele hinder worden onder de loep genomen. Er wordt bovendien rekening gehouden met psychologische factoren volgens het bio-psycho-sociaal model, en met eventueel onderliggende pathologieën vanuit de andere organen.
De conclusie en evaluatie van het vraaggesprek en het functieonderzoek leiden tot een manueel therapeutische diagnose die een verklarende omschrijving is van de functiestoornissen , beperkingen en gezondheidsproblemen. Deze omschrijving vormt de basis voor een deskundige en verantwoorde behandeling. Eventueel kan de therapeut in overleg met de arts een aanvullend onderzoek (RX, medische beeldvorming,...) noodzakelijk achten. Het manueel therapeutisch onderzoek is dan ook uitermate geschikt als aanvulling van de artsendiagnose.